Vesta Control Panel - Forum

может быть в скрипт установки добавить:

• в начале установки бэкапятся репозитории.
  устанавливаются "правильные" репозитории для корректной установки компонентов.
  скрипт устанавливается как задумано.
  возвращается состояние репозиториев, которое было до установки.

Конфликт возникал из-за репозитория CentALT. Проблему решили путем строго объявления источников из которых нужно устанваливать пакеты.