Vesta Control Panel - Forum

Есть ли в vesta skeleton directory(как в спанель) файлы из которой копировались бы в public_html при создании домена?

Да, такая директория есть. Смотрите в /usr/local/vesta/data/templates/web/skel/
Помимо этого, к шаблонам можно добавлять тригеры, если нужно дополнительно выполнять некоторые действия.