бекап баз данных

[http]

панель бекапит только базы с префиксами юзера?
если база без префикса то в бекап не попадает?

[Djalin]

Попробуйте automysqlbackup

[skurudo]

Никто не мешает вписать базу и бэкапить стандартными методами.

По аналогии вписывать можно сюда:
/usr/local/vesta/data/users/вашюзер/db.conf