Странности в работе сервера

[Rolwaag]

Vesta поднята на Ubuntu 16.04, Nginx+php-fpm. Начиная с воскресенья наблюдаю странности в работе. Через некоторое время на одном из сайтов все страницы кроме главной выдают 404 ошибку. Путём замены conf файлов от рабочего бэкапа и перезагрузки удаётся восстановить работу, но потом (уже второй раз) происходит та же проблема. Как узнать что именно подменяется и кто или что это делает?